함안윤씨(咸安尹氏)의 시조는 윤돈(尹敦)으로 남원윤씨(南原尹氏)의 시조인 윤위(尹威)의 손자이다. 윤돈은 고려 원종(元宗) 때 문과에 급제하여 전의정랑(典儀正郞)을 거쳐 이부시랑(吏府侍郞)에 올랐다. 고려 원종 때 함안에서 반적(叛賊)이 자사를 죽이고 난을 일으키자 왕은 윤돈을 군사(郡事)로 봉하여 난을 평정토록 하였다. 윤돈은 함안의 난을 평정한 공으로 수문전태학사(修文殿太學士) 판밀직문하시중(判密直門下侍中)의 관직에 올라 함안백(咸安伯)에 봉해졌으며 함안을 식읍(食邑)으로 하사 받았다. 그는 함안에서 선정을 베풀었고, 왕은 그 자손에게 향품직(鄕品職)을 세습시켰다. 이로부터 후손들이 함안에 정착하여 본관을 함안으로 삼아 세계를 이어오게 되었다.
한편 윤돈의 아들은 윤희보(尹希甫)로 흥위위주부(興威衛主簿)를 지내고 함안(咸安)에 정착 세거하면서 관향(貫鄕)을 함안으로 하게 되었다고 한다. 그러나 『만성보(萬姓譜)』나 『조선씨족통보(朝鮮氏族統譜』처럼 책에 따라서는 윤희보를 시조의 아들이 아닌 후손으로 기록한 것도 있다.