해남윤씨(海南尹氏)의 시조는 윤존부(尹存富)이다. 그러나 시조부터 7세까지는 휘자(諱字)만 전해질 뿐, 자세한 내용은 알 수 없다. 따라서 8세손인 윤광전(尹光琠)을 중시조로 삼는데, 그는 공민왕 데에 사온직장(司醞直長) 영동정(令同正)을 지냈다.
해남윤씨가 문헌상 최초로 등장하는 것은 1354년(공민왕 3)의 노비상속문서(보물 483호)의 『지정십사년노비문권(至正十四年奴婢文券)』에서이다. 이것은 직장동정(直長同正)인 윤광전이 그의 둘째 아들 윤단학(尹丹鶴)에게 노비를 상속해 주는 증서이다. 이 문서에 의하면 “徒段直長同正尹光琠亦字丹鶴亦中奴婢許與成文良中訂筆使內白好事是兩科■以斜只立案成給向敎事望白內臥乎事是亦在謹言耽津監貿處分”이란 문구가 나오는 것을 보아 윤광전 이전부터 탐진(眈津)에서 살았던 것으로 보인다. 그러므로 해남(海南)을 본관으로 삼게 된 것은 아마도 윤광전의 이후일 것으로 보인다. 즉 12세손인 윤효정(尹孝貞)이 강진(康津)에서 해남으로 옮겨 거주하였는데, 그가 사재를 헐어 백성을 구휼하고 죄인을 방면하는 등 선행을 베풀어 ‘적선지가(積善之家)’라는 칭송을 얻었다고 한다. 이때부터 관향을 해남으로 바꾸었고, 이후 『세종실록지리지』와 『신증동국여지승람』에 해남을 본관으로 하는 성씨로 기록되어 있다.